Trước khi được đưa ra thương mại hóa, mọi thực phẩm GMO đều phải được chứng nhận không có nguy cơ về sức khỏe với con người dựa trên Tiêu chuẩn Thực phẩm quốc tế (Codex) thiết lập bởi WHO.
Hiện tại, vẫn chưa có chứng cứ khoa học nào khẳng định sử dụng thực phẩm biến đổi gen có hại cho sức khỏe. Trên thế giới cũng chia ra các luồng quan điểm khác nhau. Tại các quốc gia chấp nhận sử dụng thực phẩm biến đổi gen, cũng chưa quan sát được ảnh hưởng nào lên sức khỏe con người do tiêu thụ thực phẩm biến đổi gen cả. Tuy nhiên, nhóm không ủng hộ thực phẩm biến đổi gen đưa ra các quan điểm rằng sử dụng thực phẩm GMO lâu dài sẽ gây dị ứng, kháng kháng sinh, thậm chí gây ung thư.
Trên thực tế vẫn có khả năng tồn tại độc tố trong thực phẩm biến đổi gen, bởi vì cây trồng truyền thống và cây trồng chuyển gen chỉ khác nhau về gen quy định tính trạng mong muốn, lượng độc tố tự nhiên (nếu có) tồn tại trong cây trồng truyền thống cũng sẽ có mặt trong cây trồng chuyển gen.
Mặc dù vậy, ngay cả cây trồng, vật nuôi theo cách truyền thống vẫn tồn tại độc tố ở hàm lượng nhất định, hầu hết ở mức độ an toàn với người sử dụng.
Trái ngược với quan điểm này, nhiều chuyên gia lại cho rằng, thực phẩm công nghệ sinh học ít có khả năng gây dị ứng hơn so với các loại thực phẩm thông thường khác bởi chúng thường được sàng lọc trước để bảo đảm không chứa DNA tương tự như trình tự để mã hóa cho các protein gây dị ứng.
Công việc này đang được nhiều nhà nghiên cứu tập trung để ngày một hoàn thiện hơn việc loại bỏ tác nhân gây dị ứng thực phẩm phổ biến hiện nay đã đe dọa người tiêu dùng. Ngoài việc nghiên cứu phương pháp này trên đậu nành thì còn đang tiến hành mở rộng ở nhiều loại thực phẩm khác như đậu phộng, sữa …
Cây trồng công nghệ sinh học cũng đang làm cho thực phẩm an toàn hơn bằng cách giảm dư lượng thuốc bảo vệ thực vật và giảm khả năng nhiễm độc tố nấm mốc với trường hợp của cây bắp.
Thực phẩm biến đổi gen cũng không phải là nguyên nhân làm tăng khả năng kháng thuốc kháng sinh. Các nghiên cứu về sự phát triển của vi khuẩn kháng thuốc kháng sinh trong cơ thể người bằng 'gen chỉ thị' (được sử dụng trong một số giống cây trồng công nghệ sinh học thương mại hóa đầu tiên), chứng minh một cách thuyết phục rằng căn nguyên của vấn đề này chính là do sử dụng quá liều một loại thuốc kháng sinh thương mại riêng biệt.
Hơn nữa, một nghiên cứu thực hiện vào năm 2010 cho thấy những người trồng bắp truyền thống bên cạnh bắp được hưởng lợi từ việc giảm áp lực sâu đục thân bắp giống châu Âu.
Để cân bằng 2 quan điểm này, Tổ chức Y tế thế giới (WHO), Tổ chức Nông Lương Liên hợp quốc (FAO), Cục Dược Phẩm và Thực Phẩm Hoa Kỳ (FDA)... đã thiết lập ra các hệ thống quy chuẩn để đánh giá và quản lý an toàn của thực phẩm biến đổi gen. Mọi thực phẩm biến đổi gen đều phải được chứng nhận không có nguy cơ về sức khỏe với con người dựa trên Tiêu chuẩn Thực phẩm quốc tế (Codex) thiết lập bởi WHO mới được đưa ra thương mại hóa.
An toàn của cây trồng biến đổi gen đã được khẳng định bởi nhiều tổ chức khác bao gồm Hiệp hội Y khoa Mỹ, Hiệp hội độc chất học, Viện Khoa học sự sống Quốc tế, Viện Khoa học hàn lâm Hoa Kỳ, Hiệp hội Hoàng gia Vương quốc Anh, Tổ chức Y tế thế giới, Viện Công nghệ thực phẩm, Tổ chức Nông lương Liên hiệp quốc, Cơ quan An toàn thực phẩm châu Âu và Ủy ban Liên minh châu Âu.