Theo y học cổ truyền, Bạch đàn chanh Tinh dầu có mùi thơm dễ chịu. Dùng làm thuốc tẩy uế. Tinh dầu Bạch đàn nói chung được dùng làm thuốc sát khuẩn tại chỗ đặc biệt trong điều trị các bệnh nhiễm khuẩn đường hô hấp trên và trong một số bệnh ngoài da.