Dược liệu Hoàng liên gai cũng có vị đắng, tính hàn và có tác dụng tương tự Hoàng liên. Thường dùng làm thuốc chữa ỉa chảy, lỵ, đau mắt, ăn uống kém tiêu. Ngày dùng 4-6g dưới dạng thuốc sắc hoặc thuốc viên, bột.