Hoa đu đủ đực dùng làm thuốc thường được phơi khô hoặc sấy khô. Trong dân gian hoa đủ đực thường dùng chữa ho, ho gà, ho mất tiếng. Đông y sử dụng trị giun sán, sỏi thận, chữa đái rắt, nước tiểu ít, đau niệu đạo, ung thư.